1、子宫异常者。因为子宫构造先天异常所致流产者，常见的是子宫颈闭锁不全和子宫腔中隔。子宫颈闭锁不全的患者应该在怀孕14～16周间，做子宫颈环扎术手术治疗。先天性子宫腔中隔必须靠子宫输卵管摄影或子宫镜来诊断，并以子宫镜切除手术来治疗。
2、遗传异常者。妊娠前3个月流产，有20%—60%为染色体异常。
3、内分泌激素异常者。甲状腺功能亢进或不足会导致习惯性流产，糖尿病没有好好控制会引发习惯性流产，泌乳素太高也可能导致习惯性流产常见的“黄体素不足”，这是壹种激素异常，会使子宫内膜生长不良，导致胚胎着床后成长受到阻碍而流产。
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